Konfliktgeladene Monumente wie diese fanden ihr Äquivalent auch im Lebensalltag der Bürger wieder: Während die jüdisch-deutsche Bevölkerung selbstbewusst auf ihre deutsche Kultur blickte und die ihr aufgezwungene rumänische Kultur als minderwertig betrachtete, wuchsen antisemitische Ressentiments in der rumänischen Bevölkerung, welche im städtischen Judentum nur die kosmopolitische und korrupte Elite sah.

Dieser Konflikt erklärt auch, dass es im Rahmen der Annexion Bessarabiens und der nördlichen Bukowina in die Sowjetunion 1940 gegenläufige Flüchtlingsbewegungen sowohl nach Rumänien, als auch in die Sowjetunion gab. Letztere vertrat jedoch, wie zuvor Rumänien, ebenfalls die Bildung einer „Identitätsstiftung von oben“, nun im Sinne eines ukrainischen Nationalismus. Die Position einer Zugehörigkeit der Bukowina zur ukrainischen Nation wurde hier hauptsächlich von Seiten der Kommunisten vertreten. Unterstützung in dieser Ansicht bekamen sie bald von der „angewandten Ethnographie“ der Sowjetunion, deren Aufgabe darin bestand, strategische Interessen mit einer wissenschaftlich anmutenden Legitimation zu versehen. So wurde bald auf verschiedenen Wegen versucht, das Bild der Bukowina als „rückständigen und unterdrückten Bruder“ der Ukraine zu verbreiten, der durch die Sowjetunion befreit worden sei. Dazu dienten Bücher, Dokumentationen, Museumsausstellungen sowie auch Handreichungen für die in die Region versetzten Funktionäre.

Zudem gab es den Versuch, ein Bücherverbot für Bücher durchzusetzen, die den Zielen der Sowjetunion widersprachen (beispielsweise mystische, monarchistische, trotzkistische, menschewistische, pornographische oder auch solche, die einen unliebsamen Nationalismus vertraten), was zwar in öffentlichen Einrichtungen gelang, nicht aber in den Privathaushalten.

Ähnlich problematisch gestaltete sich auch die Umsiedlung von Deutschen nach Deutschland, die auf den Konflikt stieß, dass Deutschland die jüdische Bevölkerung fernhalten und Staatsfeinde der Sowjetunion aufnehmen wollte, während die Sowjetunion sich andersherum um eine Aussiedlung der Juden bemühte und Staatsfeinde in ihrem Einflussbereich behalten wollte.

So wurden die verbliebenen Juden, die als Träger der bourgeoisen deutschen Kultur betrachtet wurden, Opfer von Diskriminierung, Inhaftierungen und Deportationen. Mit 3500 bis 4000 Betroffenen aus Czernowitz und den umliegenden Dörfern in den Jahren 1940-1941 machten die Juden einen großen Anteil der Deportierten aus.

Es waren allerdings nicht nur Juden von diesen Deportationen betroffen. Insgesamt 10.000 bis 11.000 Menschen wurden aus der nördlichen Bukowina in die östlichen Territorien der Sowjetunion deportiert, weil sie verdächtigt wurden, rumänische Staatsangestellte gewesen zu sein, die Grenze überquert haben zu wollen oder zu anderen unliebsamen Gruppen zu gehören: sogenannten Landherren, Fabrikbesitzer, Großhändler, Aktivisten konterrevolutionärer Parteien, Kriminellen oder schlicht Verräter.

Mit dem Kriegsbeginn und dem Vorrücken der Achsenmächte in die Sowjetunion im Sommer 1941 entstand eine kurze (etwa zweiwöchige) Phase des Machtvakuums in Czernowitz und Umgebung, in der es sowohl zu Gewalt gegen die Besatzer, als auch zu anti-jüdischer und anti-sowjetischer Gewalt kam. In den frühen Kriegstagen fielen so rund 10.000 Juden den Gewaltausbrüchen zum Opfer, die von Rumänien, Ungarn, Deutschland sowie auch von ukrainischen Nationalisten aus Galizien ausgeführt wurden.

Bis Oktober fand daraufhin eine relative Stabilisierung der Lage statt. Die verbliebenen Juden mussten nun Zwangsarbeit leisten, bis schließlich ein jüdisches Ghetto in Czernowitz eingerichtet wurde, in dem 50.000 Menschen auf einem Platz eingepfercht wurden, der eher für 5.000 geeignet gewesen wäre. Darüber hinaus wurden 90.000 Juden aus der Bukowina nach Transnistrien deportiert, von denen bis zur Rückeroberung durch die Sowjetunion 1943 rund 40.000 Opfer von Haftbedingungen und Exekutionen wurden.

Nachdem die Region um Czernowitz im April 1944 von der Sowjetunion zurückerobert wurde, wiederholte sich nach dem Friedensschluss die Sowjetisierung der nördlichen Bukowina. Während es dabei in vielerlei Hinsicht zu einer Wiederholung der ersten Sowjetisierung kam, sind allerdings auch Unterschiede festzustellen, von denen der verheerendste wohl die neue Einstellung der Sowjetunion gegenüber der „jüdischen Nationalität“ war.

Während die antisemitische Propaganda in der Bevölkerung bereits entsprechende Einstellungen verbreitet hatte, wurden sie nun auch vom Staat getragen. Die durch den Holocaust verstärkte Bedeutung der jüdischen Kultur und Herkunft für die Selbstidentifikation der Juden sowie deren Kosmopolitismus und Sympathie mit einem jüdischen Nationalstaat machten sie der politischen Führung verdächtig. Zudem genügte meist die bloße Tatsache, dass ein Jude oder eine Jüdin den Holocaust überlebt hatte dafür, ihn/sie der Kollaboration zu verdächtigen. Verstärkt wurde diese Antipathie noch dadurch, dass die Czernowitzer Juden Deutsch sprachen und deutsche Literatur lasen. Der Hass auf alles Deutsche, der im Rahmen des sowjetischen Patriotismus der Nachkriegszeit gefördert wurde, machte – der Shoah zum Trotz – auch vor deutschsprachigen Juden nicht halt.

Für weiteres Konfliktpotential sorgte die Wohnungsnot nach dem Krieg, da auf der einen Seite viele Wohnungen nicht mehr bewohnbar waren, auf der anderen Seite aber ein regelrechter Zustrom von Menschen stattfand. So kamen demobilisierte Rotarmisten, Heimkehrer aus der Gefangenschaft in Transnistrien (darunter nicht nur Einheimische aus der Bukowina), Verwandte und von Betrieben angefragte Spezialisten in die Region. Dieser Zuzug führte bemerkenswerterweise dazu, dass 1944 mehr Juden und Jüdinnen in Czernowitz lebten (je nach Schätzung 42-70%), als noch 1930 (38%).

Diesem Problem nahm sich die sowjetische Führung durch ein Programm „ethnischer Säuberungen“ an, wie sie auch in anderen Regionen zu dieser Zeit durchgeführt wurden.

Diese begannen damit, dass Juden, die gerade erst aus der Gefangenschaft zurückkehrten, zur Arbeit in Industriegebieten wie dem Donbas (an der sogenannten „Arbeitsfront“) eingezogen wurden, obwohl sie wohl kaum in einem Zustand waren, der es ihnen ermöglichte, in der Industrie zu arbeiten. In einem Bericht an das „Jüdische Antifaschistische Komitee“ wurde daher vermutlich zu Recht der Verdacht geäußert, dass das Ziel der Mobilisierung nicht darin gelegen habe, Arbeitskraft bereitzustellen, sondern die Demographie der Stadt zu verändern.

Eine wesentlich offenere, wenn auch harmlosere Form nahmen diese Säuberungen als Bevölkerungsaustausch mit Rumänien in den Jahren 1945 und 1946 an. So wurden Rumänen und Juden rumänischer Herkunft nicht deportiert, sondern zu einer Ausreise in ihr „Heimatland“ gedrängt. Im Falle der Juden geschah dies allerdings ohne Rücksprache mit der rumänischen Regierung, sodass sie in Rumänien ebenso unwillkommen waren, wie in der Sowjetunion und das Land in vielen Fällen so bald wie möglich wieder verließen. Die größten Profiteure dieser Säuberungen dürften die Angestellten des sowjetischen Innenministeriums gewesen sein, die sich im Rahmen von Bestechungen und Enteignungen persönlich bereicherten.

Auch diese Säuberungen stellten allerdings keinesfalls ein Ende des jüdischen Lebens in Czernowitz und Umgebung dar. Zur großen Frustration der ukrainischen Führung hatte sich das Bild von Czernowitz als jüdisches Zentrum bereits so weit verbreitet, dass aus verschiedenen Teilen der Sowjetunion (vor allem aus der Ukraine und Moldawien) Juden und Jüdinnen eintrafen, um dort zu leben. Selbst im Jahre 1959 war Czernowitz daher mit einem jüdischen Bevölkerungsanteil von 20% noch das größte Zentrum jüdischen Lebens in der Ukraine.

Die neu zugezogenen Juden taten sich allerdings schwer mit der Integration in die Reste der noch bestehenden Gemeinde. Da sie eine Kultur pflegten, die auf der jiddischen und russischen Sprache beruhte, blickten die Czernowitzer Deutsch-Juden, die ihre Kultur als überlegen betrachteten, auf sie herab.

Die lokalen Eliten, die durch ein gezieltes Förderungsprogramm der Regierung bald hauptsächlich ukrainisch geprägt waren, unterhielten ein Verhältnis zur jüdischen Bevölkerung, das zwischen persönlichem Machtmissbrauch und einer „Laissez-Faire“-Haltung wechselte. Ideologisch geprägte Konflikte in Dimensionen, wie sie in den 1940er Jahren ausgetragen wurden, blieben in der Folgezeit allerdings aus.